主要包括流域坡面侵蚀、土地（壤）资源流失与破损机制及产沙、泥沙输移机理；水流泥沙运动规律；中长期河湖系统多尺度演变机理及模拟技术；河势、河型及江湖关系调整机理；河湖治理与防护技术；河湖治理思路与战略；水系连通演化与提升；流域水资源动态分布及评估；水资源优化配置与高效利用；水沙资源调控与综合管理；江河湖库疏浚砂资源化综合利用；河湖治理与水沙资源综合利用相关政策法规及信息化平台研究等。

主要包括洪涝灾害形成原因、致灾机理及防治；洪涝灾害动态监测、预警预报与风险评估；河道、水库、湖泊、分蓄洪区洪水演进及溃坝、溃堤洪水模拟技术；堰塞湖形成、溃决与灾情演化机制；山洪灾害监测预警与调控技术；洪水资源化利用技术；防洪工程抢险加固关键技术和崩岸治理技术；基于虚拟现实（VR）和增强现实（AR）的流域防洪应急演练技术；长江流域水工程基础信息库建设；水沙调控理论与方法；水工程联合调度关键技术；水工程联合调度管理机制；多目标优化调度模型与方案；长江流域水工程智能调度系统等研究。

主要包括三峡工程及其上游梯级水库建成后长江中下游防洪形势及对策；大型水利水电工程、引调水、河道/航道整治、河道采砂、岸线利用等对流域防洪及生态环境的累积性影响；长江中下游河道再造床过程及其对防洪、航运、取水等综合影响；人类活动影响下（丹江口）水库等重要水源地保护研究与示范；江源咸水入侵对河流水生态水环境的影响；人类活动影响下重要物种（如四大家鱼、江豚、钉螺等）的迁移扩散规律及保护（防控）对策；水污染监测与防治；梯级水库群生态效应监测评价与生境适应性；引调水工程对调水和受水区水生态环境影响评估及缓解对策；灌区多尺度水循环及面源污染迁移转化规律等研究。

主要包括长江大保护背景下的长江流域河湖功能区划及功能评估；河湖岸线洲滩及其生境修复关键技术研究与示范；河湖生态岸坡综合治理技术研发；重要河湖滨水带水文地貌与植被耦合演化过程和机理；重要河湖滨水区域生态环境变化规律；河湖连通的生态水文效应及生态清洁水网调控；河湖长制背景下河湖水域岸线管理体制与机制；基于卫星遥感和无人机航飞的河湖四乱快速立体监测评估技术；河湖岸线动态监管技术；水生生物栖息地保护；智慧化水域岸线保护大数据信息平台构建等。