农业水利研究所成立于2012年，是长江科学院下属的非营利公益研究所。农水所立足长江流域，积极服务长江经济带社会发展和重大战略需求，重点围绕中国南方地区农业灌溉和排水、农村饮水安全、农村水能资源利用与保护、农村水利信息化及农村水利政策等领域开展公益研究和技术咨询服务。

农水所下设节水灌溉、饮水安全、农村水利政策3个研究室，建有长江流域灌溉试验站网、长江流域农村水利协作网两个科技平台，承担国家重点研发项目、国家自然科学基金、水利技术示范项目以及农村水利技术咨询等项目200余项，在灌区现代化改造、数字孪生灌区、农村供水保障、农业水价综合改革、农业抗旱应急保障等领域取得一大批重要成果。同时积极拓展国际科技合作途径，完成国家自然科学基金国际（地区）交流项目、亚洲合作资金项目等国际合作项目，与柬埔寨、泰国、巴基斯坦等“一带一路”国家建立了良好的合作关系，逐渐走出了一条农村水利国际化道路。