拥有国内外30多套先进的仪器设备，已建成功能齐全的水生态实验室。现有的仪器包括国内外陷阱的电感耦合等离子体质谱仪(ICP-MS)、高效液相色谱仪(HPLC)、液质联用仪(HPLC-MS)、藻类综合毒性分析仪(BBE2000)、叶绿素荧光仪(PHYTO-PAM)、高级生物显微镜、微波消解仪、冷冻干燥机、氮吹仪、分光光度计、超声波破碎仪等可用于水体有机污染物、无机污染物(包括重金属)分析及水生生物(浮游生物)分析测试的仪器设备，以及多普勒流速流量分析仪、超声波流量计等水文测定设备,涵盖了水质分析类、水生态分析类、微生物分析类、水文及河道测量类等,构建了完善的水文水资源和水生态分析测试平台，在水质分析、水体富营养化控制、水生态修复治理保护、水资源保护等方面取得了积极成效。