水土保持研究所成立于2003年7月，是中国水土保持学会理事单位、南方水土保持研究会副理事长单位、湖北省水土保持学会副理事长单位，是生产建设项目水土保持方案编制单位水平评价证书（5星级）、生产建设项目水土保持监测单位水平评价证书（5星级）资质的主要维护单位。主要从事水土保持与山洪地质灾害防治方面的基础科研及应用科研工作，并为行业主管部门提供技术支撑，在全国范围内开展生产建设项目水土保持方案编制、设计、监测、监理及设施验收及洪涝灾害调查评价、风险评估等技术咨询服务工作。
现有在编职工50余人，其中具有副高及以上职称占60%以上，35岁以下职工占60%，具有硕士及以上学位占90%以上。湖北省五一劳动奖章1人，陕西省百人计划1人，中国水土保持学会突出贡献奖1人，长江委重大成就奖1人，中国科协青年托举人才1人，水利部5151人才工程第三、四层次人选4人，中国水土保持学会青年科技奖2人，湖北省新世纪高层次人才工程第三层次人选1人，长江科学院创新团队2个。
现有土壤侵蚀、山洪灾害、土壤环境与生态工程、工程水土流失防治4个研究室。
建有水土流失模拟实验室和水土保持理化分析实验室，独立设计研发了国内首个移动式水土流失实验室，是赤水河水生态系统野外科学观测研究站的责任单位。配有激光雨滴谱仪、同位素质谱分析仪、X波段测雨雷达、无人机载微型高光谱成像仪、地形微变形监测系统、区域水土流失特征因子低空遥感监测系统、土壤侵蚀核素示踪系统等各类先进仪器设备40余台（套）。
围绕土壤侵蚀发生发展过程、规律、机理、模型模拟等基础核心科学问题，重点开展水力、冻融、重力等侵蚀类型的侵蚀动力学机制及其过程，区域水土流失治理标准与容许土壤流失量研究。
以流域、区域水土流失空间格局和径流、输沙变化规律分析为基础，开展水土流失变化归因定量分析、泥沙来源追踪、流域水沙变化关系与计算模型构建，以及全球变化条件下流域水沙动态与生态环境演变的关系等方面的研究。
基于降雨产流、泥沙输移和养分迁移等过程机理，以水土流失动力过程与阻控机制研究为核心，致力水-沙-养分输移多过程耦合的治理技术体系与治理模式研发，重点开展坡耕地截流减蚀、减污及抗蚀保土技术研发、区域水土保持措施防蚀减污机理及综合配置效益评价。
围绕小流域暴雨-洪水-崩塌-滑坡-泥石流山洪地质灾害全链条演化过程、山洪地质灾害致灾机理、灾害实时监测与动态预警、区域防灾减灾救灾模式，重点开展山洪地质灾害致灾机理、区域特征、风险评估、监测预警、防御模式等研究，在相关规划编制、防汛监督检查与应急抢险等方面提供技术支持。
服务城市高质量发展需求，开展城市水土流失规律、新技术研发、措施优化设计、生态环境效应评价等研究，制定城市水土保持技术标准体系及其与海绵城市建设技术参数相衔接的关键参数，研发并构建城镇化过程中新增土壤侵蚀综合防治关键技术体系。
围绕工程水土流失防治及生态文明需求，重点开展生产建设项目水土流失规律及侵蚀机理、工程弃渣资源化利用研究，构建水土流失综合防护措施体系及优化配置模式，研发适用于扰动边坡土体改良及稳定的水土保持新材料、新方法、新技术并开展综合效益评估。
围绕长江大保护与生态文明建设需求，在典型生态敏感区和脆弱区开展退化生态系统的修复机理、水土保持措施防蚀机理及适用性评价、区域碳中和基本贡献模式及其配套机制研究，构建区域生态环境演变及生态修复技术体系与模式。
围绕智慧水土保持主题，结合无人机、机器学习/深度学习等高新技术，研发三维建模可视化、高/多光谱近地遥感、雷达近地遥感等水土保持智能技术，同时在水土保持动态监测与监管等方面为工程建设与行业管理提供科技支撑。
先后主持完成国家“十一五”、“十二五”科技支撑计划课题和专题、国家重点研发计划项目、国家自然科学基金、水利部公益性行业专项、水利前期等国家及省部级科研项目近200项，主编或参编国家标准、行业及地方标准（定额）近20项，出版著作20余部，发表论文300余篇，授权发明专利近20项，取得水利部先进实用技术推广目录证书20余项。获得各类科技奖励20余项，其中，作为牵头单位获大禹水利科技二等奖2项、湖北发展研究奖二等奖1项、中国水土保持学会科技二等奖1项。2016年获湖北省“工人先锋号”。
