长江科学院下设院长办公室、科研计划处、科技交流与国际合作处、人事处、财务处、纪检审计处和党群办公室等7个职能部门，河流研究所、水资源综合利用研究所、水土保持研究所、流域水环境研究所、空间信息技术应用研究所、工程安全与灾害防治研究所、农业水利研究所、水力学研究所、材料与结构研究所、土工研究所、岩基研究所、爆破与振动研究所、机电研究所、仪器自动化研究所、重庆分院、工程质量检测中心（计量检定及标准化中心）、野外科学观测中心（生态修复技术中心）和科技成果推广中心等18个研究所（中心、分院），1个科技企业，3个综合服务保障单位，设有研究生部和博士后科研工作站。

长江科学院在武汉、宜昌、重庆、青海杂多等地建有科研基地，总占地面积近90万平方米，拥有各类实体模型试验厅20余座，建有当今世界上规模最大的河工模型——长江防洪模型。依托长江科学院组建的各类平台有17个，其中国家级5个，省部级9个，其他科技创新基地3个。5个国家级平台为国家大坝安全工程技术研究中心、江湖保护与水安全保障国际科技合作基地、国家引才引智示范基地、国家创新人才培养示范基地、全国科普教育基地。9个省部级平台为水利部长江中下游河湖治理与防洪重点实验室、水利部岩土力学与工程重点实验室、水利部水工程安全与病害防治工程技术研究中心、水利部山洪地质灾害防治工程技术研究中心、水利部长江江源区水生态系统野外科学观测研究站、水利部三峡库区危岩地灾野外科学观测研究站、水利部西南山区中小河流与山洪灾害野外科学观测研究站、流域水资源与生态环境科学湖北省重点实验室、水利部长江水利人才培养基地。另3个平台为长江水利委员会长江经济带保护与发展战略研究中心、长江流域湖库功能恢复及淤沙资源化利用技术创新中心、武汉市智慧流域工程技术研究中心。

长江科学院现有在职职工800余人，副高及以上专业技术人员占比近60%，水利部专业技术二级岗位人员16人，博硕士学历人数占比约80%，在职职工中国家级、省部级专家80余人，其中享受国务院政府特殊津贴专家3人、“百千万人才工程”国家级人选2人、国家级高层次青年人才4人、水利部“5151人才工程”部级人选1人、水利领军人才2人、水利部水利青年科技英才2人、水利部创新团队负责人2人、水利青年拔尖人才4人、湖北省有突出贡献中青年专家3人、湖北省新世纪高层次人才工程第一层次人选1人、湖北省新世纪高层次人才工程第二层次人选1人、湖北省新世纪高层次人才工程第三层次人选10人、湖北省青年拔尖人才3人、中国科协青年托举计划5人、湖北省青年英才开发计划1人、湖北省百名优秀女性科技创新人才3人、长江委水利青年科技英才5人、水利部“5151人才工程”三四层次人选31人、武汉市黄鹤英才青年人才3人、武汉英才（优秀青年人才）16人。

长江科学院拥有工程咨询单位甲级资信（水利水电，水文地质、工程测量、岩土工程）、建设项目水资源论证甲级、水文与水资源调查评价甲级、水土保持方案编制（5星）、水土保持监测（5星）、测绘甲级、地质灾害评估和治理工程勘查设计甲级、水利工程质量检测甲级（岩土工程类、混凝土工程类、金属结构类、量测类、机械电气类）、水利建设市场主体信用评价等级（水资源论证AAA、水文水资源调查评价AAA、水土保持方案编制AAA、质量检测AAA、咨询AA）等10余类资质。通过了国家计量认证、ISO9001质量管理体系认证、环境管理体系认证、职业健康安全管理体系认证，为水利部病险水库除险加固工程蓄水安全鉴定、水库大坝安全评价、大中型水闸安全评价评估单位。长江科学院下属科技企业武汉长江科创科技发展有限公司拥有工程设计水利行业（河道整治、城市防洪）专业乙级、工程勘查专业类工程测量乙级、水利水电工程施工总承包贰级、专业承包贰级（特种工程（结构补强）不分等级、防水防腐保温、电子与智能化、河湖整治、环保、地基基础、建筑机电安装）、施工劳务备案、水利部工程监理（水利施工甲级、水土保持甲级、环境保护）、住建部工程监理乙级（房屋建筑、市政公用、电力）、水文与水资源调查评价乙级、水资源论证单位水平评价乙级、CMMI认证3级等各类资质证书。通过了ISO9001质量管理体系、ISO14001环境管理体系、ISO45001职业健康安全管理体系、ISO/IEC 20000-1:2018信息技术服务管理体系、ISO/IEC 27001:2022信息安全管理体系认证，被认定为高新技术企业、水利安全生产标准化三级单位、企业信用等级（施工类A级、监理类AAA级）、湖北省、武汉市守合同重信用企业。

长江科学院为博士学位授予单位，拥有土木水利博、硕士专业学位授权点和水利工程、土木工程两个一级学科硕士学位授权点，与武汉大学、西北农林科技大学、武汉理工大学、河海大学、三峡大学及长江大学共建研究生联合培养基地、山东大学联合培养岩土工程博士点等。设有中共水利部党校武汉校区，用以承担水利系统党员领导干部培训工作。建设有国家二级档案馆、湖北省研究级文献收藏图书馆和全国总工会职工书屋，是水利档案工作规范化管理二级单位，拥有全国中文核心期刊、中国科技核心期刊、中国科学引文数据库（CSCD）核心期刊、RCCSE中国核心学术期刊《长江科学院院报》，承办RCCSE中国核心学术期刊《长江技术经济》。

70余年来，长江科学院围绕防洪抗旱减灾、水资源综合利用、河湖生态保护治理、水利水电工程建设运行以及流域综合管理等领域开展了大量研究与科技服务工作，主持完成数百项国家科技计划和省部级重点科研项目，承担数百个大中型水利水电工程建设中的科研任务，取得了一大批创新成果，攻克了一道道技术难题，并面向国民经济建设相关行业广泛开展涉水科技服务，为长江治理开发与保护以及我国水利事业发展提供了有力的科技支撑，为推动长江生态文明建设、经济社会发展和水利科技进步作出了重大贡献。荣获各类科技成果奖励780余项（其中国家级36项，省部级260余项），发明和实用新型专利900余项（其中发明专利380余项），登记软件著作权380余项，主编或参编技术标准120余部，编撰出版科技著作200余部。